Abp Józef Kupny został w czwartek wybrany na pięć lat przez większość biskupów zebranych w Warszawie na 397. Zebraniu Plenarnym Konferencji Episkopatu Polski. Będzie zastępcą abp. Tadeusza Wojdy, wybranego tego samego dnia na przewodniczącego KEP.
Papież Benedykt XVI 21 grudnia 2005 r. mianował abp. Kupnego biskupem pomocniczym archidiecezji katowickiej. Od 18 maja 2013 r. jest metropolitą wrocławskim. Jego ingres do katedry wrocławskiej odbył się 16 czerwca 2013 r.
W Konferencji Episkopatu Polski hierarcha jest członkiem Rady Stałej KEP, członkiem zespołu przy delegacie KEP ds. Duszpasterstwa Emigracji Polskiej, delegatem KEP ds. Duszpasterstwa Ludzi Pracy i delegat KEP ds. Duszpasterstwa Przedsiębiorców i Pracodawców.